TaxonMatch: taxonomic integration and tree construction from heterogeneous biological databases
本文介绍了 TaxonMatch 工具，旨在解决生物多样性研究中因命名不规范和分类演变导致的多源数据整合难题，通过统一不同数据库（如 GBIF、NCBI 和 iNaturalist）的物种名称、解决同义异名及修正错误，构建出一致的分类学框架以支持后续研究。
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evolutionary biology
460 篇论文
Gene Expansion and Regulatory Rewiring Shape Sex-Biased Evolution of the Mouse Submandibular Gland Secretome
该研究揭示，谱系特异性基因扩增（如小鼠特有的激肽释放酶基因簇）与调控网络重塑（包括睾酮相关调控元件的扩散）共同驱动了小鼠颌下腺分泌组快速且显著的性别特异性进化。
A history of symbiosis impacts the host evolutionary trajectory in experimentally evolved amoebas
该研究通过实验进化发现，即使共生菌被移除，宿主（盘基网柄菌）的后续进化轨迹仍受其先前与特定共生菌（伯克氏菌）共生历史的显著影响，表明共生关系会引发长期的路径依赖效应。
Recombination rate and efficiency of linked selection in small and large stickleback populations
该研究通过对九刺鱼不同规模种群的基因组分析发现，虽然连锁选择在大型种群中显著降低了核苷酸多样性，但仅有一个极小型淡水种群表现出比海洋祖先更高的重组率，从而部分支持了小种群为适应新环境而进化出更高重组率的理论预测。
The limits of information in precise regulation of early multicellular life cycles
该研究通过建模分析表明，虽然利用细胞衰老或机械应力等内在信息源有助于早期多细胞生物的生命周期调控，但这些信息源在调节灵活性与规律性之间存在固有权衡，严重限制了仅靠内在信息演化出高度协调且灵活的生命周期的可能性。
Optimal virulence in ageing populations
该研究利用年龄特异性模型和拉丁超立方采样，分析了全球人口老龄化对麻疹、结核、流脑和埃博拉等四种传染病最优毒力及死亡率的影响，发现人口结构变化在不同地区和疾病中会驱动毒力上升或下降，从而为未来传染病管理提供关键预测依据。
Natural selection driven by escape from shifting antibody classes shapes SARS-CoV-2 evolution
该研究通过表型选择推断框架揭示，SARS-CoV-2 的进化是由复制能力增强与针对不同类别抗体的动态免疫逃逸压力共同驱动的持续军备竞赛过程。
Lungfish comparative genomics reveals ancient gene networks co-opted for life on land
该研究通过比较基因组学分析揭示，肺鱼在夏眠过程中利用脊椎动物全基因组复制产生的古老基因网络，通过共适应机制满足了从水生到陆生过渡的生理需求。
Local trade-offs shape flower size evolution across Arabidopsis thaliana distribution.
该研究揭示了拟南芥花型大小的演化受局部环境权衡驱动，在气候边缘地带因强纯化选择而趋向小型化，而在适宜生境中则因环境约束放松而维持了花型大小的多样性。
Regulatory architecture and standing variation drive parallelism in floral evolution
该研究以拟南芥科植物为模型，揭示了发育调控网络架构（特别是 JAG 基因对花瓣发育的特异性剂量敏感性）与长期维持的功能性遗传变异相结合，如何共同驱动了向自交演化过程中花瓣缩小这一表型的平行进化。
Eco-evolutionary dynamics of pathogen epidemic timing in a seasonal environment
该研究通过建立演化流行病学模型，揭示了病原体在季节性环境中如何通过优先效应与稳定化效应的平衡，演化出从季节性漂移、稳定适应到多态共存等不同的流行病时间动态模式。
Dependent variable selection in phylogenetic generalized least squares regression analysis under Pagel's lambda model
该研究通过大规模模拟发现，在因果方向不明的情况下，PGLS 回归中因变量的选择会显著影响结论，并证明使用 Pagel's 、Blomberg's 或估计的 值作为选择标准，比使用对数似然、AIC 等指标更能可靠地确定因变量。
Divergent C. elegans toxin alleles are suppressed by distinct mechanisms
该研究在秀丽隐杆线虫中发现了一种新的毒素 - 解毒剂系统，其夏威夷型为典型的连锁基因模式，而标准实验室品系 N2 则携带一个功能性的毒素基因，该基因通过内源性 piRNA 通路介导的转录后沉默机制被特异性抑制，从而构成了首个天然存在的毒素与解毒剂解偶联且受小 RNA 调控的遗传系统。
Limited directional selection but coevolutionary signals among imprinted genes in A. lyrata.
该研究利用系统发育和群体基因组学方法，在拟南芥（*A. lyrata*）及十字花科植物中揭示了印记基因存在平衡选择和净化选择的信号，且其群体水平的选择模式与交配系统及亲本冲突理论预测存在差异，同时发现了印记基因间存在非位点特异性的共进化现象。
Influenza hemagglutinin subtypes have different sequence constraints despite sharing extremely similar structures
该研究通过比较 H3、H5 和 H7 三种流感病毒血凝素亚型的深度突变扫描数据，发现尽管这些亚型具有高度保守的蛋白质结构和细胞进入功能，但其序列约束存在显著差异，约半数位点的氨基酸偏好因亚型间野生型氨基酸的不同及相互作用网络的重排而发生了剧烈改变。
Negative allometry of egg size among 29 species of drosophilid flies
该研究利用基于全基因组标记的系统发育树，对 29 种果蝇的卵大小和成体体型进行了比较分析，发现果蝇卵大小与成体体型呈负异速生长关系（即体型较大的物种产卵比例较小），且其形态演化符合随时间逐渐分化的随机演化模型，这与鸟类、头足类和爬行类等其它类群的演化模式存在显著差异。
Coordination of sequential RNase activities in an ancient molecular machine
该研究通过祖先序列重建与结构生物学手段，揭示了 RNA 外切酶复合物核心 Exo9 如何从具有催化活性的古菌酶进化为真核生物中的调控枢纽，并通过变构机制协调其与 Rrp44 的连续 RNase 活性，阐明了这一关键分子机器跨越十亿年的进化历程。
Structural reorganization and genomic context define a divergent lineage of the Wolbachia male-killing gene wmk
该研究通过对 251 个沃尔巴克氏体基因组的比较分析，揭示了一个因显著结构重组和独特基因组邻域而定义的*wmk*基因新谱系，表明蛋白质结构变异和基因组背景与序列多态性共同塑造了该效应基因的多样性，且其分布受共生体超群和宿主分类阶元的限制。
Between Friends and Foes: Evolutionary Diversification in Mutualistic-Antagonistic Networks
该研究利用生态演化模拟模型发现，在植物 - 传粉者 - 植食者网络中，互利与对抗两种相互作用是否由同一植物性状介导（即生态多效性），决定了各物种类群的多样化模式：若性状独立则多样化互不影响，若性状耦合则两者相互制约，强对抗可促进互利类群多样化，而强互利则抑制对抗类群多样化。
A simple test demonstrates that many prokaryotic accessory genes are adaptive.
该研究通过提出并应用一种基于非同义与同义多样性比值（πn/πs）的简单测试，证实了大肠杆菌和金黄色葡萄球菌中至少 75% 的辅助基因受到自然选择维持而具有适应性，从而显著推高了以往对细菌适应性辅助基因数量的估计。